| MirGeneDB ID | Bla-Mir-2058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2058 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-2058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000110: 921563-921621 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2058) |
Mir-2058
Sc0000110: 921563-921621 [-]
Ensembl
Mir-2057 Sc0000110: 922534-922594 [-] Ensembl |
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| Seed | GAGAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGGCGGAGAAAACAUGGAAGCCCGCUAAGUGAGAAGUAAGACUACCAUCCCGUGUGUGCUGUGCCGGGGUGGGGUCUUGCUUCUUCCUUAGCGGCUUUACAACACAACGAUGGACGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACGGCGGAGAAAACAUG---| C UG A UGUGU GAAGCC GCUAAG AGAAGUAAGACU CCAUCCCG G UUUCGG CGAUUC UCUUCGUUCUGG GGUGGGGC C CGGCAGGUAGCAACACAACA^ - CU - CGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The 3' end of the 5p arm might be monouridylated. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-2058_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGAAGUAAGACUACCAUCCCG -23
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-2058_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GGGUGGGGUCUUGCUUCUUCCU -59
Get sequence
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