| MirGeneDB ID | Bla-Mir-10-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-10-P1-v1 Bla-Mir-10-P2-v1 Bla-Mir-10-P3 Bla-Mir-10-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Adi-Mir-10 Asp-Mir-10 Bfl-Mir-10-P9 Nve-Mir-10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000000: 2027630-2027689 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUGUGACCCGCCAUGUUGUUCCCCAAGAUUACCCUGUAGAUCCGGACUUGUGAUCAGUAUAACAGCACAAAUCCGAUUUACAGGUUAGGCCUGGGCAACGCCAAUCUACAAAACGGUACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCUGUGACCCGCCAUGUU--| C AGA C C C AUCAGU GUU CCCA UUA CCUGUAGAUC GGA UUGUG \ CAA GGGU GAU GGACAUUUAG CCU AACAC A CAUGGCAAAACAUCUAACCG^ C CCG U - A GACAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | The 3' end of the 5p arm appears to be monoadenylated. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-10-P9_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGAUCCGGACUUGUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-10-P9_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAAAUCCGAUUUACAGGUUAGG -60
Get sequence
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