MirGeneDB ID | Bfl-Mir-10-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-10c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-10-P1-v1 Bfl-Mir-10-P2-v1 Bfl-Mir-10-P3 Bfl-Mir-10-P10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Adi-Mir-10 Asp-Mir-10 Bla-Mir-10-P9 Nve-Mir-10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049994.1: 10433249-10433307 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUGAAAAGGACAUGUGGUUCCCCAGGAUUACCCUGUAGAUCCGGACUUGUGGUCACUUCAUCACACAAAUCCGAUUUACAGGAUAGGCCUUGGCAACACCAACCAACGUUACCAUCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUGUGAAAAGGACAUGUG--| C C A C C C GUCAC GUU CC AGG UUA CCUGUAGAUC GGA UUGUG U CAA GG UCC GAU GGACAUUUAG CCU AACAC U ACUACCAUUGCAACCAACCA^ C U G A - A ACUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bfl-Mir-10-P9_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACCCUGUAGAUCCGGACUUGUG -23
Get sequence
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Star sequence | Bfl-Mir-10-P9_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CAAAUCCGAUUUACAGGAUAGG -59
Get sequence
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