MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4876-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4876 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-4876-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-4876 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | B. floridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049984.1: 7355971-7356031 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUACGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGAGUGAAGAUGGCAUGCUCGCGGCCACAGGUCUCACCUGGUGCGUAACGCUGGUAUCAGAUCUCGCCUUACGUGCCACGUGAGGACUCUUGGACGCGCAGCUCUAUCCACAGCCGUACCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAGAGUGAAGAUGGCAU- - G CA -| C UG C UGGUAU GCU CGCG CCA GGU CUCAC UGG CGUAA GC C CGA GCGC GGU UCA GAGUG ACC GCAUU CG A CCAUGCCGACACCUAUCU C A UC G^ C GU C CUCUAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bfl-Mir-4876-P1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGUCUCACCUGGUGCGUAACGC -22
Get sequence
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Mature sequence | Bfl-Mir-4876-P1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0020459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CUUACGUGCCACGUGAGGACUCU -61
Get sequence
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