MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4873 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-4873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049988.1: 7250319-7250376 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUCCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGAUGACAGGAAUGCUCGGCACUGGGGUGUGUUCCCACCUUCUGAUGUUGUUUAGUCAUGUGAUACAACAUCCCAGGGCGGGGCACAUCCCAGGCUGCCAUGGGAACAACCGAACAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUGAUGACAGGAAUGCUC --| U A CU UUAGUC GGCA CUGGGGUGUGU CCC CCUU GAUGUUGU \ CCGU GACCCUACACG GGG GGGA CUACAACA A GACAAGCCAACAAGGGUA CG^ - C CC UAGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bfl-Mir-4873_5p |
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mirBase accession | MIMAT0020452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUUCCCACCUUCUGAUGUUGUU -23
Get sequence
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Star sequence | Bfl-Mir-4873_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAACAUCCCAGGGCGGGGCACA -58
Get sequence
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