| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4872-P33a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-4872 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUCAGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4872c-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-4872-P32 Bfl-Mir-4872-P33b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. floridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049995.1: 13194568-13194626 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4872-P33a) |
Mir-4872-P33a
NC_049995.1: 13194568-13194626 [+]
UCSC
Mir-4872-P33b NC_049995.1: 13194771-13194829 [+] UCSC Mir-4872-P32 NC_049995.1: 13214051-13214109 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAGCAUUUUGUGUAGAGGUUCACAAGUGGUGUCAGGACGACAAAAGCUCUGAGUCCUCUCAACACCAGAGUUUUGUUGCCCCGACUCCUUUUGUGGUCAUGUAGCAGCAAAGCUGAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAAGCAUUUUGUGUAGAGGU--| U U A A G AGUCCU UCACAAG GG GUC GG CGACAAAA CUCUG C GGUGUUU CC CAG CC GUUGUUUU GAGAC U UAAGUCGAAACGACGAUGUACU^ U U C C - CACAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bfl-Mir-4872-P33a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020116 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUCAGGACGACAAAAGCUCUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bfl-Mir-4872-P33a_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AGAGUUUUGUUGCCCCGACUCC -59
Get sequence
|
