| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4860 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-4860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049983.1: 11749662-11749723 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4860) |
Mir-4865-v1
NC_049983.1: 11748784-11748850 [+]
UCSC
Mir-4865-v2 NC_049983.1: 11748784-11748850 [+] UCSC Mir-4860 NC_049983.1: 11749662-11749723 [+] UCSC |
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| Seed | GUAGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCCCCUGCUGCUGACUGGGUGGGACUCUCUGCCUGUCAACGUCUCUGUACAGUGAACAUGAGGCAUGUGUAGAGAUUGUGUGACGGGUAGUGAGCCCCCAGCCCUUCUCCUCAUCUCAUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCCCCUGCUGCUGACU- G A- U - -| GUGAAC GG UGGG CUC CUGCCUGUCA AC GUCUCUGUACA A CC ACCC GAG GAUGGGCAGU UG UAGAGAUGUGU U UCUACUCUACUCCUCUUC G CC U G U^ ACGGAG 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-4860_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCAACGUCUCUGUACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-4860_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUAGAGAUUGUGUGACGGGUAGU -62
Get sequence
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