| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4857 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-4857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-4857 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049988.1: 15244458-15244521 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4857) |
Mir-4862
NC_049988.1: 15243748-15243805 [-]
UCSC
Mir-4857 NC_049988.1: 15244458-15244521 [-] UCSC Mir-4869 NC_049988.1: 15245629-15245693 [-] UCSC |
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| Seed | CGAUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAACCUGUCGUACGAUACCUGCUGUGGUCACGAUGUUUUUGUCUGCUCCAGAGGUGAGUUAUUACGACUUUGGGACAGACGAAACAUCUCAGACCAACGCUGGGGCAUGACAGCAUGGCCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAACCUGUCGUACGAUA- - UG AC-| U CU GGUGAGU CCU GC UGGUC GAUGUUUU GUCUG CCAGA U GGG CG ACCAG CUACAAAG CAGAC GGUUU A ACACCGGUACGACAGUACG U CA ACU^ - AG CAGCAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bfl-Mir-4857_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0020083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGAUGUUUUUGUCUGCUCCAGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Bfl-Mir-4857_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UGGGACAGACGAAACAUCUCAGA -64
Get sequence
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