MirGeneDB ID | Bfl-Mir-2068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2068 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-2068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-2068 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049980.1: 24867355-24867411 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUCCUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGAUACCCAAGACUGCUGGUUUGUUCUUCUUCCUAUGCACAUCUGUCCUUGUAAGCUGGAGGAGGACAUGUGUGCAUAGGGAAGAGAUCAGCUAGCCAAAUCUGCAUCCACCAGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUGGAUACCCAAGACUG---| U U UC C GUAAG CUGGUU G UCU UUCCUAUGCACAU UGUCCUU \ GAUCGA C AGA AGGGAUACGUGUG ACAGGAG C AGACCACCUACGUCUAAACC^ - U GA U GAGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bfl-Mir-2068_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUCCUAUGCACAUCUGUCCUU -22
Get sequence
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Star sequence | Bfl-Mir-2068_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0019170 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- GGACAUGUGUGCAUAGGGAAGA -57
Get sequence
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