MirGeneDB ID | Bfl-Mir-2062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2062 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-2062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-2062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049986.1: 15355280-15355338 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAACAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCUGUGUUCAUUCACGGCCGCCCUGCUCUGCAACAAUAUUUCAUCAGUGGUGAACUCCAAAAUCUACUGGUGAAAUGUAGUUGCGUAGGAGGCCGGCCACUGUCAACAGGGGGAACGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGGCUGUGUUCAUUCAC--| C G C A UGAACU GGCCG CCU CU UGCAAC AUAUUUCAUCAGUGG \ CCGGC GGA GA GCGUUG UGUAAAGUGGUCAUC C GCAAGGGGGACAACUGUCA^ C G U A UAAAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bfl-Mir-2062_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCAACAAUAUUUCAUCAGUGG -22
Get sequence
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Star sequence | Bfl-Mir-2062_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0019169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- ACUGGUGAAAUGUAGUUGCGUA -59
Get sequence
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