MirGeneDB ID | Bfl-Mir-2061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2061 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-2061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bla-Mir-2061 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049984.1: 7654702-7654760 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGCAUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGGAGGAGAAACCCUGGUGGUUUUCCACGGGCAAUGUAUCUAGCGCAACACGUUAACCCGAGCUGUUGCAUAGGUACAUUGGUCAGUGGGAGCCCACCCCUUACAACGCUGGAUGGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 ACAGGAGGAGAAACCCU-- U -| G GC CGUUAA GGUGG UUUCCAC GG CAAUGUAUCUA GCAACA \ CCACC GAGGGUG CU GUUACAUGGAU CGUUGU C AGGUAGGUCGCAACAUUCC C A^ G A- CGAGCC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bfl-Mir-2061_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGCAAUGUAUCUAGCGCAACA -22
Get sequence
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Mature sequence | Bfl-Mir-2061_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUGCAUAGGUACAUUGGUCAGU -59
Get sequence
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