| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-2057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2057 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-2057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-2057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049984.1: 18064151-18064211 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2057) |
Mir-2058
NC_049984.1: 18063129-18063187 [-]
UCSC
Mir-2057 NC_049984.1: 18064151-18064211 [-] UCSC |
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| Seed | GAGAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUAUUUCCACGGCAUGGAGUCGGCACGGGUGAGAAGUUAGCCAACCAUCCGGCUGGUAUGUGCAACCCGGGUGGUGGUUGACUUCUUUCUCGUUACGUCUCAAUAACCACCUAGUUGCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUAUUUCCACGGCAUG--| U GC U A CUGGUA GAG CG ACGGG GAGAAGUUAGCCA CCAUCCGG U CUC GC UGCUC UUCUUCAGUUGGU GGUGGGCC G GGCGUUGAUCCACCAAUAA^ U AU U - CAACGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bfl-Mir-2057_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGAAGUUAGCCAACCAUCCGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Bfl-Mir-2057_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GGGUGGUGGUUGACUUCUUUCU -61
Get sequence
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