| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-12493 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-12493 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bla-Mir-12493 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Branchiostoma | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049995.1: 4326931-4326989 [+] UCSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12493) |
Mir-12491
NC_049995.1: 4326455-4326514 [+]
UCSC
Mir-12493 NC_049995.1: 4326931-4326989 [+] UCSC |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGGU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUAUAUAUUGAACAGUUCCCAGGAUCAGUGACGGCUCCAUAAGCAGGGGCUGUGUGCCAGGCUAGCCCCUGGUUGUUGGGCCGAUACCUGGCUUUGUGGAAAAUACAUCCUAAACUCAGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUUAUAUAUUGAACAGU- - AU -| A C G GUGUG UCC CAGG CA GUG CGGCUC AUAA CAGGGGCU C AGG GUUU GU CAU GCCGGG UGUU GUCCCCGA C ACUCAAAUCCUACAUAAA U CG C^ A U G UCGGA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bfl-Mir-12493_5p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACGGCUCCAUAAGCAGGGGCU -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bfl-Mir-12493_3p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCCCUGGUUGUUGGGCCGAUACC -59
Get sequence
|
