| MirGeneDB ID | Ava-Novel-5-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | AVA-NOVEL-5 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Novel-5-P1b Ava-Novel-5-P2a Ava-Novel-5-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075493.1: 7274956-7275019 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-5-P1a) |
Novel-5-P1a
CP075493.1: 7274956-7275019 [+]
Ensembl
Novel-5-P2b CP075493.1: 7275099-7275160 [+] Ensembl |
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| Seed | UACUAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUGUUGAUAAACUUCGAGUAUUCUCUGCUUACUAUUUCCUCAAUUGUCACUGGAUUUCUUUAACAUAUGUGACGACUGAAGUCGUAGUACAUAGAAGAGACUCACAGAUCUUCCUGAACAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUGUUGAUAAACUUC--| A - CU UUCC A UGGAUUUC GAGU UUCU CUG UACUAU UCA UUGUCAC U CUCA GAGA GAU AUGAUG AGU AGCAGUG U CUACAAGUCCUUCUAGACA^ - A AC CUGA C UAUACAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ava-Novel-5-P1a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUACUAUUUCCUCAAUUGUCAC -22
Get sequence
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| Star sequence | Ava-Novel-5-P1a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- GACGACUGAAGUCGUAGUACAU -64
Get sequence
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