| MirGeneDB ID | Ava-Novel-10-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | AVA-NOVEL-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Novel-10-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075492.1: 8603526-8603583 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-10-P2) |
Novel-10-P2
CP075492.1: 8603526-8603583 [+]
Ensembl
Mir-12593-P2a CP075492.1: 8653273-8653335 [+] Ensembl |
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| Seed | AACUCGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAAUAUGUAAAUAUUUGGCUCUUGUAAAUCACCUCUGCUUUCGAGUUCAUUCGUACUAUCAAAUAUAAACUCGAACUCACGGGUGGAUAUACAGCCAGAUUAACGACAUUUUUUCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAAUAUGUAAAUAUUU----| CUU A - C CU C UCGUAC GGCU GUA AUC ACCU UG UUCGAGUU AU U CCGA CAU UAG UGGG AC AAGCUCAA UA A UACUUUUUUACAGCAAUUAGA^ --- A G C UC A UAAACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ava-Novel-10-P2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CACCUCUGCUUUCGAGUUCAU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ava-Novel-10-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAACUCGAACUCACGGGUGGA -58
Get sequence
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