| MirGeneDB ID | Asp-Novel-4-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | ASP-NOVEL-4 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Deep-sea anemone (Actinernus sp.) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Asp-Novel-4-P1 Asp-Novel-4-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Actinernus sp. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Actinernus sp. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_030867875.1_CUHK_Acti_1.0_genomic) |
JAOWCC010001210.1: 39380616-39380671 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-4-P3) |
Novel-4-P3
JAOWCC010001210.1: 39380616-39380671 [-]
Ensembl
Novel-4-P2 JAOWCC010001210.1: 39410679-39410735 [-] Ensembl Novel-4-P1 JAOWCC010001210.1: 39417262-39417317 [-] Ensembl |
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| Seed | GUUGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAUGUUUCUCUUGUUGUCGAAGAUUUGGAAGUUGAGACGCAAACAUGAAUUUGUUGUUUUAAUUCAUUUUCGCGUCUCGACCCUCUCAAAGCUGUUUUCUAUUCAAUAUACACCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUAUGUUUCUCUUGUUGUCGA- A - A-| A C UGUU AG UUUG GA GUUGAGACGC AA AUGAAUU \ UC AAAC CU CAGCUCUGCG UU UACUUAA G UCCACAUAUAACUUAUCUUUUG G U CC^ C U UUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Asp-Novel-4-P3_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUGAGACGCAAACAUGAAUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Asp-Novel-4-P3_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- UUCAUUUUCGCGUCUCGACCCUC -56
Get sequence
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