MirGeneDB ID | Asp-Novel-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | ASP-NOVEL-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Deep-sea anemone (Actinernus sp.) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Asp-Novel-2-P2 Asp-Novel-2-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Actinernus sp. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Actinernus sp. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_030867875.1_CUHK_Acti_1.0_genomic) |
JAOWCC010001634.1: 69034566-69034619 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-2-P1) |
Novel-2-P1
JAOWCC010001634.1: 69034566-69034619 [-]
Ensembl
Novel-2-P2 JAOWCC010001634.1: 69034986-69035039 [-] Ensembl Novel-2-P3 JAOWCC010001634.1: 69035408-69035461 [-] Ensembl |
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Seed | UAGAACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGCUUGGAAAUAACAUCUGAGGGAAGAUUUAGAACCCAGCUGGGUUUCACUUUUAGGAAUGAAAGCCAGUUCGGUUCCAUACCAUCACUCAGACAUCUGUCCACAAAGUGAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAGCUUGGAAAUAACA--| G AGAUUUA C G CUUU UCUGAG GA GAACC AGCUGG UUUCA U AGACUC CU CUUGG UUGACC AAAGU A GAGUGAAACACCUGUCUAC^ A ACCAUAC C G AAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Asp-Novel-2-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAGAACCCAGCUGGGUUUCACU -23
Get sequence
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Star sequence | Asp-Novel-2-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
31- UGAAAGCCAGUUCGGUUCCAUAC -54
Get sequence
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