| MirGeneDB ID | Aga-Mir-1891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1891 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-1891 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aga-Mir-1891-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064602.1: 5810730-5810789 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1891-v2) |
Mir-1891-v2
NC_064602.1: 5810730-5810789 [-]
Ensembl
Mir-1891-v1 NC_064602.1: 5810731-5810788 [-] Ensembl |
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| Variant | Aga-Mir-1891-v2 |
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| Seed | CACGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCGGACACGUAAACCUCUUUUUCCGUCAUGUUGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUUUUAUAUUUGAUUAAACACGUCCAUUAACUCUGGUACAUGAUGGUAAAAGCGAGCAACGAAUGACGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCGGACACGUAAACCUC--| U UGA UU UUAUA UUUU CCGUCAUGU GGAGUUAAU GCGUGUUU U AAAA GGUAGUACA UCUCAAUUA UGCACAAA U UAGCAGUAAGCAACGAGCG^ U UGG CC UUAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-1891-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0007862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-1891-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACACGUCCAUUAACUCUGGUACA -60
Get sequence
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| Variant | Aga-Mir-1891-v1 |
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| Seed | GAGGAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGACACGUAAACCUCUUUUUCCGUCAUGUUGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUUUUAUAUUUGAUUAAACACGUCCAUUAACUCUGGUACAUGAUGGUAAAAGCGAGCAACGAAUGACGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGACACGUAAACCUCU- -| UGA UU UUAUA UUUU CCGUCAUGU GGAGUUAAU GCGUGUUU U AAAA GGUAGUACA UCUCAAUUA UGCACAAA U AGCAGUAAGCAACGAGCG U^ UGG CC UUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aga-Mir-1891-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0007862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUUU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Aga-Mir-1891-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AACACGUCCAUUAACUCUGGUAC -58
Get sequence
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