| MirGeneDB ID | Aga-Mir-10355-P1h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-10355 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-10355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aga-Mir-10355-P1a Aga-Mir-10355-P1b Aga-Mir-10355-P1c Aga-Mir-10355-P1d Aga-Mir-10355-P1e Aga-Mir-10355-P1f Aga-Mir-10355-P1g Aga-Mir-10355-P1i Aga-Mir-10355-P1j Aga-Mir-10355-P1k Aga-Mir-10355-P1l Aga-Mir-10355-P1m | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. gambiae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | A. gambiae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064600.1: 1760297-1760358 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10355-P1h) |
Mir-10355-P1a
NC_064600.1: 1754235-1754296 [+]
Ensembl
Mir-10355-P1b NC_064600.1: 1754677-1754738 [+] Ensembl Mir-10355-P1c NC_064600.1: 1755540-1755601 [+] Ensembl Mir-10355-P1d NC_064600.1: 1756686-1756747 [+] Ensembl Mir-10355-P1m NC_064600.1: 1757128-1757189 [+] Ensembl Mir-10355-P1l NC_064600.1: 1758079-1758140 [+] Ensembl Mir-10355-P1k NC_064600.1: 1758521-1758582 [+] Ensembl Mir-10355-P1j NC_064600.1: 1759188-1759249 [+] Ensembl Mir-10355-P1i NC_064600.1: 1759855-1759916 [+] Ensembl Mir-10355-P1h NC_064600.1: 1760297-1760358 [+] Ensembl Mir-10355-P1g NC_064600.1: 1760739-1760800 [+] Ensembl Mir-10355-P1f NC_064600.1: 1761181-1761242 [+] Ensembl Mir-10355-P1e NC_064600.1: 1762129-1762190 [+] Ensembl |
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| Seed | AUUACCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACGACGGAUGAACUCUGAUGCAAUGUGCUACAUUACCGAUGGAUCCUUACCGAUGUAUUUGGUACUAUUCAGUAAGGGUUUUCUGUAAUGCAGCACGUUUCAUUGAUGCGCCAACCGUGUAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACGACGGAUGAACUCUG--| C A C U C UGUAUUU AUG AAUGUGCU CAUUAC GA GGAUCCUUAC GA \ UAC UUGCACGA GUAAUG CU UUUGGGAAUG CU G GAUGUGCCAACCGCGUAGU^ U C U - A UAUCAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aga-Mir-10355-P1h_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0041501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUUACCGAUGGAUCCUUACCGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Aga-Mir-10355-P1h_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0041502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGUAAGGGUUUUCUGUAAUGCA -62
Get sequence
|
