MirGeneDB ID | Aca-Mir-9574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-9574 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-9574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
2: 141270233-141270287 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUCAUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUCCUCAUCCUUUGUUUCCCCAGCCUUCUUUCAUCUCUGAAAUGCAUAUGUUUUAGCACCAUUUGUAUUUCAGAGAUGGAGGGCCGAAGAAACGCAUACGCUUGAUAUUGAAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UCUUCCUCAUCCUUUGU-----| CCCA UUU U UUUU UUC GCCUUC CAUCUCUGAAAUGCA AUG \ AAG CGGGAG GUAGAGACUUUAUGU UAC A UAAGUUAUAGUUCGCAUACGCA^ AAGC --- U CACG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-9574_5p |
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mirBase accession | MIMAT0037582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUCAUCUCUGAAAUGCAUAUG -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-9574_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0037583 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- UUUGUAUUUCAGAGAUGGAGGG -55
Get sequence
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