MirGeneDB ID | Aca-Mir-5435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5435 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-5435b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
2: 25825607-25825663 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGACCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUACAGCUGGAAGUUGCCAGAGUCAUUCUGGAUGACCUAGAAAAUUCCUAGAGAGGUAUCAUAUUUAGGAAUUUGCUAGUUCUUCCAGGAAGACUGCAUGGUAAUCUGCAGUGGAAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUACAGCUGGAAGUUGCCAG--| A U C A GAGGU AGUC UUCUGGA GA CUAG AAAUUCCUAGA \ UCAG AGGACCU CU GAUC UUUAAGGAUUU A GAAGGUGACGUCUAAUGGUACG^ A U U G AUACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-5435_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAUGACCUAGAAAAUUCCUAGA -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Aca-Mir-5435_3p |
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mirBase accession | MIMAT0022091 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UAGGAAUUUGCUAGUUCUUCCA -57
Get sequence
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