MirGeneDB ID | Aca-Mir-5426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5426 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-5426 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
3: 195203204-195203265 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACUCUAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAUACUACACUAAUUCAGCAGUGCAGAUGCACUCUAAGUCUACUUCCACAGUCUUCACUUCAUGCAUCUGAGGAAGUAAACUUGGACUACAAAUGCAUACGCUACCAACUUCAUUCUCUUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAUACUACACUAAUUC- A-| GA CAC C A UCUUCAC AGC GUGCA UG UCUAAGU UACUUCC CAG U UCG UACGU AC AGGUUCA AUGAAGG GUC U GUUCUCUUACUUCAACCA CA^ AA AUC A A UACGUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-5426_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CACUCUAAGUCUACUUCCACAG -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Aca-Mir-5426_3p |
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mirBase accession | MIMAT0022047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- GAGGAAGUAAACUUGGACUACA -62
Get sequence
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