MirGeneDB ID | Aca-Mir-5405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5405 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-5405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343207.1: 3269097-3269153 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUUUAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGGAGUUUACAAAUGCAAGUGGACAAUAUUGUUUUAUUUGCCUUCCUGUUUAGAAAUCAGCAGAACAGGGAGACAUCUAGGACAAGGAUGCCAGGCUUAAAUCUACAGUAUUUUCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUGGAGUUUACAAAUGC- --| A AUA UU C AGAAA AAGU GG CA UUGUUUUA UG CUUCCUGUUU \ UUCG CC GU AACAGGAU AC GAGGGACAAG U CCUUUUAUGACAUCUAAA GA^ - AGG CU A ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-5405_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUUUUAUUUGCCUUCCUGUUU -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-5405_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0022019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- ACAGGGAGACAUCUAGGACAAG -57
Get sequence
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