MirGeneDB ID | Aca-Mir-5402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5402 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-5402 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343894.1: 87890-87947 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCACAGAAUGAAACAUACCUUUGUGAGUUUUCUUCUCUUGGUCUACAGAUCCGAUGUUUAACCGUUCUGUAGCUCUUGGGACUGAAGAACUUGCAAAGGCACCACACGUUACAACAGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCACAGAAUGAAACAUA-- UG - U-| UU GU UCCGAUG CCUUUG AG UUUUC UCUC G CUACAGA U GGAAAC UC AGAAG AGGG C GAUGUCU U UGACAACAUUGCACACCAC GU A UC^ UU UC UGCCAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-5402_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUUCUCUUGGUCUACAGAUCC -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-5402_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0022013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UUCUGUAGCUCUUGGGACUGAAGA -58
Get sequence
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