MirGeneDB ID | Aca-Mir-5397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5397 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-5397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | A. carolinensis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
2: 92804660-92804720 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUUCUUGAGUUGUUCGCAGCUCUCAUGUUACGCAGAAGUUUGCUUCAUCAGGCUGAAUAUGCCCUGCCUGGUAAAGCCUUCUGCCUAACCUGCAAGCUUGCAAGCUUCUGCACAAAGUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGUUCUUGAGUUGUUC- -| CU U C UUU C UGAAU GC AGCU CA GUUA GCAGAAG GCUU AUCAGGC A CG UCGA GU CAAU CGUCUUC CGAA UGGUCCG U GUGAAACACGUCUUCGAA U^ AC C C --- A UCCCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-5397_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACGCAGAAGUUUGCUUCAUCAGGC -25
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-5397_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0022005 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- CUGGUAAAGCCUUCUGCCUAAC -61
Get sequence
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