| MirGeneDB ID | Aae-Mir-2940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2940 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aae-mir-2940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aga-Mir-2940-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.222: 643960-644064 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2940-v1) |
Mir-2940-v1
supercont1.222: 643960-644064 [+]
Ensembl
Mir-2940-v2 supercont1.222: 643960-644064 [+] Ensembl |
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| Variant | Aae-Mir-2940-v1 |
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| Seed | GUCGACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUGCGAUUGCAGCAGAUCUUGGAGACAUUGGUUUAUCUUAUCUGUCGAGGCAAGUUAUUUUACCGGAUAGUGUUUCUUUUCGUGAGCAAUCACCACUAUCCAGCUCUUCUUGUCGACAGGGAGAUAAAUCACUGACAUCCGAUGGUCAUUCAUCGAAGGUGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 UGGUGCGAUUGCAGCAGAUC- GA-| U A GGCAAGUUAUUUUACCGGAUAGUGUUUCUUU UUGGA CA UGGUUUAUCUU UCUGUCGA U AGCCU GU ACUAAAUAGAG GGACAGCU C CGGUGGAAGCUACUUACUGGU ACA^ C - GUUCUUCUCGACCUAUCACCACUAACGAGUG 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aae-Mir-2940-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0014283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUUUAUCUUAUCUGUCGAGGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Aae-Mir-2940-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
82- UGUCGACAGGGAGAUAAAUCACU -105
Get sequence
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| Variant | Aae-Mir-2940-v2 |
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| Seed | UCGACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGUGCGAUUGCAGCAGAUCUUGGAGACAUUGGUUUAUCUUAUCUGUCGAGGCAAGUUAUUUUACCGGAUAGUGUUUCUUUUCGUGAGCAAUCACCACUAUCCAGCUCUUCUUGUCGACAGGGAGAUAAAUCACUGACAUCCGAUGGUCAUUCAUCGAAGGUGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 UGGUGCGAUUGCAGCAGAUC- GA-| U A GGCAAGUUAUUUUACCGGAUAGUGUUUCUUU UUGGA CA UGGUUUAUCUU UCUGUCGA U AGCCU GU ACUAAAUAGAG GGACAGCU C CGGUGGAAGCUACUUACUGGU ACA^ C - GUUCUUCUCGACCUAUCACCACUAACGAGUG 160 150 140 130 120 110 100 90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aae-Mir-2940-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0014283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUUUAUCUUAUCUGUCGAGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aae-Mir-2940-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
83- GUCGACAGGGAGAUAAAUCACU -105
Get sequence
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