| MirGeneDB ID | Aae-Mir-1891-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1891 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aae-mir-1891-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aae-Mir-1891-P1-v1 Aae-Mir-1891-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. aegypti | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Culicidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.466: 72801-72860 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1891-P1-v2) |
Mir-1891-P1-v2
supercont1.466: 72801-72860 [+]
Ensembl
Mir-1891-P1-v1 supercont1.466: 72802-72859 [+] Ensembl |
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| Variant | Aae-Mir-1891-P1-v2 |
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| Seed | UGAGGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACACUUAUCGGAUAUCUUUUUCCGUCAUGUUGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUUUUGUAUUUGAUUAAACACGUCCAUUAACUCUGGUACAUGAUGAUAAAAGCCAACAACAGGACCGGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AACACUUAUCGGAUAUC--| UC UGA UU UUGUA UUUU CGUCAUGU GGAGUUAAU GCGUGUUU U AAAA GUAGUACA UCUCAAUUA UGCACAAA U CAGGCCAGGACAACAACCG^ UA UGG CC UUAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aae-Mir-1891-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Aae-Mir-1891-P1-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACACGUCCAUUAACUCUGGUACA -60
Get sequence
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| Variant | Aae-Mir-1891-P1-v1 |
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| Seed | GAGGAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACACUUAUCGGAUAUCUUUUUCCGUCAUGUUGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUUUUGUAUUUGAUUAAACACGUCCAUUAACUCUGGUACAUGAUGAUAAAAGCCAACAACAGGACCGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACACUUAUCGGAUAUCUUUUUC--| UGA UU UUGUA CGUCAUGU GGAGUUAAU GCGUGUUU U GUAGUACA UCUCAAUUA UGCACAAA U AGGCCAGGACAACAACCGAAAAUA^ UGG CC UUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Aae-Mir-1891-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0014263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGGAGUUAAUUUGCGUGUUU -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Aae-Mir-1891-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACACGUCCAUUAACUCUGGUAC -58
Get sequence
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