MirGeneDB ID | Gga-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-200a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-8-P1a Gga-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P2a Ami-Mir-8-P2a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cli-Mir-8-P2a Cmi-Mir-8-P2a Cpi-Mir-8-P2a Cpo-Mir-8-P2a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2a Gja-Mir-8-P2a Gmo-Mir-8-P2a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P2a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P2a Mal-Mir-8-P2a Mdo-Mir-8-P2a Mml-Mir-8-P2a Mmu-Mir-8-P2a Mun-Mir-8-P2a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P2a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2a Sha-Mir-8-P2a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P2a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P2a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P2a Tni-Mir-8-P2a Xla-Mir-8-P2a1 Xla-Mir-8-P2a2 Xtr-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
21: 2601082-2601142 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2a) |
Mir-8-P3a
21: 2598575-2598633 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-8-P2a 21: 2601082-2601142 [-] UCSC Ensembl Mir-8-P1a 21: 2603411-2603470 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGCUGGACAGACAGUGGUCCUCUGUGGGCAUCUUACUAGACAGUGCUGGAUUUCUUGGAUCUAUUCUAACACUGUCUGGUAACGAUGUUUAAAGGGUGAACCAAACAACACCAUGCAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUGCUGGACAGACAGUGG- - G -| C UUUCUU UC CUCU UGGGCAUC UUACUAGACAGUG UGGA G AG GGGA AUUUGUAG AAUGGUCUGUCAC AUCU G CUACGUACCACAACAAACCA U A C^ A UAUCUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-8-P2a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0026533 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACUAGACAGUGCUGGA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-200a-5p miRDB: MIMAT0026533 |
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Mature sequence | Gga-Mir-8-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0001171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAACACUGUCUGGUAACGAUGUU -61
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-200a-3p miRDB: MIMAT0001171 |