MirGeneDB ID | Cpo-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-200a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-8-P1a Cpo-Mir-8-P1b Cpo-Mir-8-P2b Cpo-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-8 Aca-Mir-8-P2a Ami-Mir-8-P2a Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2a Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2a Cgi-Mir-8 Cin-Mir-8-P2 Cli-Mir-8-P2a Cmi-Mir-8-P2a Cpi-Mir-8-P2a Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2a Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2a Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2a Gga-Mir-8-P2a Gja-Mir-8-P2a Gmo-Mir-8-P2a Hme-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2a Isc-Mir-8 Lan-Mir-8 Lch-Mir-8-P2a Lgi-Mir-8 Loc-Mir-8-P2a Mal-Mir-8-P2a Mdo-Mir-8-P2a Mml-Mir-8-P2a Mmu-Mir-8-P2a Mun-Mir-8-P2a Npo-Mir-8 Oan-Mir-8-P2a Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2a Ovu-Mir-8 Pbv-Mir-8-P2a Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Rno-Mir-8-P2a Sha-Mir-8-P2a Sko-Mir-8 Spt-Mir-8-P2a Spu-Mir-8 Sto-Mir-8-P2a Tca-Mir-8 Tgu-Mir-8-P2a Tni-Mir-8-P2a Xla-Mir-8-P2a1 Xla-Mir-8-P2a2 Xtr-Mir-8-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_186: 1149699-1149759 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2a) |
Mir-8-P3a
scaffold_186: 1148974-1149032 [-]
UCSC
Mir-8-P2a scaffold_186: 1149699-1149759 [-] UCSC Mir-8-P1a scaffold_186: 1150409-1150467 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAGGCUGGGCGCACCUGGGCCUCUGUGGGCAUCUUACCGGACAGUGCUGGAUUUCUUGGCUUGACUCUAACACUGUCUGGUAACGAUGUUCAAAGGUGACCCACUGCUCUGGAGAUAACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCAGGCUGGGCGCACCU- CC- G -| C UUUCUU GGG UCU UGGGCAUC UUACCGGACAGUG UGGA G CCC GGA ACUUGUAG AAUGGUCUGUCAC AUCU G CCAAUAGAGGUCUCGUCA AGU A C^ A CAGUUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-8-P2a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCUUACCGGACAGUGCUGGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-8-P2a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAACACUGUCUGGUAACGAUGUU -61
Get sequence
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