MirGeneDB ID | Gga-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-365-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-193-P1a Gga-Mir-193-P1b Gga-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-193-P2b Ami-Mir-193-P2b Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2b Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2b Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2b Cmi-Mir-193-P2b Cpi-Mir-193-P2b Cpo-Mir-193-P2b Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2b Dre-Mir-193-P2b1 Dre-Mir-193-P2b2 Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2b Gja-Mir-193-P2b Gmo-Mir-193-P2b2 Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2b Lch-Mir-193-P2b Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2b Mal-Mir-193-P2b2 Mml-Mir-193-P2b Mmu-Mir-193-P2b Mun-Mir-193-P2b Oan-Mir-193-P2b Ocu-Mir-193-P2b Pbv-Mir-193-P2b Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2b Sha-Mir-193-P2b Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2b Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2b Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2b Tni-Mir-193-P2b2 Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
18: 6430650-6430711 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2b) |
Mir-193-P1b
18: 6417119-6417177 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P2b 18: 6430650-6430711 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAGGGGACUGAGCGGCAGCAAGAAAAAUGAGGGACUUUCAGGGGCAGCUGUGUUUUACUAACCCAGUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGUUCUUGCAAUGGUCAACUGUGACCUCCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAGGGGACUGAGCGGCA---| A AC C GC UUUUACU GCAAGAA AAUGAGGG UUU AGGGGCA UGUG \ CGUUCUU UUAUUCCU AAA UCCCCGU AUAC A GCCUCCAGUGUCAACUGGUAA^ G AA - A- UGACCCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut on the 5p arm -1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-193-P2b_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0031075 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGACUUUCAGGGGCAGCUGUG -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-365-2-5p miRDB: MIMAT0031075 |
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Mature sequence | Gga-Mir-193-P2b_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU -62
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-365-3p miRDB: MIMAT0003361 |