| MirGeneDB ID | Bta-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bta-mir-365-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bta-Mir-193-P1a Bta-Mir-193-P1b Bta-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-193-P2b Ami-Mir-193-P2b Bge-Mir-193-P2 Cbr-Mir-193-P2-v1 Cbr-Mir-193-P2-v2 Cel-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v2 Cfa-Mir-193-P2b Cgi-Mir-193-P2 Cli-Mir-193-P2b Cmi-Mir-193-P2b Cpi-Mir-193-P2b Cpo-Mir-193-P2b Cte-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2b Dre-Mir-193-P2b1 Dre-Mir-193-P2b2 Ebu-Mir-193-P2 Ete-Mir-193-P2b Gga-Mir-193-P2b Gja-Mir-193-P2b Gmo-Mir-193-P2b2 Hme-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2b Lch-Mir-193-P2b Lgi-Mir-193-P2 Loc-Mir-193-P2b Mal-Mir-193-P2b2 Mml-Mir-193-P2b Mmu-Mir-193-P2b Mun-Mir-193-P2b Oan-Mir-193-P2b Ocu-Mir-193-P2b Pbv-Mir-193-P2b Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2b Sha-Mir-193-P2b Sko-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2b Spu-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2b Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2b Tni-Mir-193-P2b2 Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037346.1: 18461524-18461584 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2b) |
Mir-193-P2b
NC_037346.1: 18461524-18461584 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-193-P1b NC_037346.1: 18474472-18474527 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGAGAGUGCUCGAGGACAGCAAGAAAAAUGAGGGACUUUCAGGGGCAGCUGUGUUUUCUGACUCAGUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGUUCUUGCAGUGUGCAUCAGGCGGCGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAGAGUGCUCGAGGACA---| A AC C GC UUUUCU GCAAGAA AAUGAGGG UUU AGGGGCA UGUG G CGUUCUU UUAUUCCU AAA UCCCCGU AUAC A CCGGCGGCGGACUACGUGUGA^ G AA - A- UGACUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut on the 5p arm -1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bta-Mir-193-P2b_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGACUUUCAGGGGCAGCUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Bta-Mir-193-P2b_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAU -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-365-3p |
