MirGeneDB ID | Tgu-Mir-2962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2962 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-mir-2962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. guttata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | T. guttata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
17: 6697965-6698023 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAUCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUGGGGCCUCGUCCAGCCCUGGGAAGGGGAGGAGCGAGGAAGGGGAUGGGAUGGGCUAACCAGGGUCCAUCCCCUGCCUCUCUUCUCCCUUUCCUGGGGCAGCUCCUGCAGCAAAACAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGUGGGGCCUCGUCCAG--| UG C A AUGGGCU CCC GGAAGGGGAGGAG GAGG AGGGGAUGGG \ GGG CCUUUCCCUCUUC CUCC UCCCCUACCU A ACAAAACGACGUCCUCGAC^ GU U G GGGACCA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Tgu-Mir-2962_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0014462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGAGCGAGGAAGGGGAUGGGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Tgu-Mir-2962_3p |
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mirBase accession | MIMAT0014621 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCAUCCCCUGCCUCUCUUCUCC -59
Get sequence
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