MirGeneDB ID | Sto-Mir-12488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12488 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cmi-Mir-12488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Chondrichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Chondrichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01003193.1: 112829-112888 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACGACAUCACGCGUAAGCGGCGUGAUGACGUUUUUGCGACGCGAUGACGUUUUUCGACACAAGUUACAUCAUCACGACGCGAAUUACGUCAUCGCGUCGCGUGGUUACGAGACAGGAGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CACGACAUCACGCGUAA-- U-| A C C UUUUCGA GCGGCGUGAUGACGU UUUGCG CG GAUGA GU \ CGCUGCGCUACUGCA AAGCGC GC CUACU CA C AGAGGACAGAGCAUUGGUG UU^ A A A UUGAACA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Sto-Mir-12488_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUUUUUGCGACGCGAUGACGU -21
Get sequence
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Star sequence | Sto-Mir-12488_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AUCAUCACGACGCGAAUUACGU -60
Get sequence
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