MirGeneDB ID | Spu-Mir-4847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4847 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Purple sea urchin (Strongylocentrotus purpuratus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | spu-mir-4847 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | S. purpuratus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Spur_5.0) |
AAGJ06000004.1: 4948627-4948690 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAUGAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAGGAGAUGGCGCACAUACUCUCACCUCAUAAUGAUGGCGCGGUGCGGUGCGAUGUGAUAUCAAAAAAUUCGCUCUCAUUCGCCAUCAUUCUUAGGUGUAGUUAGCUCAGCCAUGCAAUUCACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAGGAGAUGGCGCACAU---| CU CAU C C U UGUGAUA ACU CACCU AAUGAUGGCG GGUG GG GCGA U UGA GUGGA UUACUACCGC UUAC UC CGCU C CACUUAACGUACCGACUCGAU^ U- UUC - - U UAAAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although there is no star recorded for Mir-4847 expression of the 5p arm is deeply conserved across echinoid echinoderms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Spu-Mir-4847_5p |
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mirBase accession | MIMAT0020069 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAUGAUGGCGCGGUGCGGUGCGA -24
Get sequence
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Star sequence | Spu-Mir-4847_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- GCUCUCAUUCGCCAUCAUUCUU -64
Get sequence
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