| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4838 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4838 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003151253.1: 407594-407654 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACUUGGUGUAAUAAAUAAUCUGUUGAGGUAACUGAUACAAGUAGGAUUGUCAGAUAACAUCCAUAAUCUGCUCCUGCUUCUAUCAGUUCCCUCGGCUGAUACUUAUCUAGAUUGCACACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AACUUGGUGUAAUAAAUA--| U U C UUGUCAGAUAAC AUC GUUGAGG AACUGAUA AAGUAGGA \ UAG CGGCUCC UUGACUAU UUCGUCCU A UCACACGUUAGAUCUAUUCA^ U C C CGUCUAAUACCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-4838_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACUGAUACAAGUAGGAUUGUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-4838_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGCUCCUGCUUCUAUCAGUUCC -61
Get sequence
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