| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4826 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4826 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003111485.1: 19771-19832 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCCGAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCGAAUAUGGCAAAGUUGUUGCUACUGGCCAUCCGAUAACAAGUGUUGGAUAUGGAAUCAAGCACGAAUCCAACACUUCAAAUCGGAUCGUCGGUAGCGAUGUCAAACUACAAUAGAAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGAAUAUGGCAAAGUU--| C AAC AUGGAAU GUUGCUACUGGC AUCCGAU AAGUGUUGGAU C UAGCGAUGGCUG UAGGCUA UUCACAACCUA A UAAAAGAUAACAUCAAACUG^ C AAC AGCACGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sko-Mir-4826_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0020032 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUCCGAUAACAAGUGUUGGAUA -23
Get sequence
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| Star sequence | Sko-Mir-4826_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020033 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCCAACACUUCAAAUCGGAUCGU -62
Get sequence
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