MirGeneDB ID | Sha-Mir-12476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12476 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Neu-Mir-12476 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Australidelphia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Australidelphia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL850377.1: 18230-18287 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAUGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUUCUUUAUUGGUCUGUUGGUCUCACCAUCCGGAAGUCCAAAAUGCAUGAUUUCUGCGUCGAAAUUAUGCUUUGGAAUUCCGUUACAAGCUGAUUUUUAGGUUAACGUUUUCUGUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAGUUCUUUAUUGGUCU-----| UG CUCACCAUC G AU UUUCUG GU GU CGGAA UCCAAA GCAUGA C UA CG GCCUU AGGUUU CGUAUU G GUGUCUUUUGCAAUUGGAUUUU^ GU AACAUU--- A -- AAAGCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sha-Mir-12476_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCGGAAGUCCAAAAUGCAUGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Sha-Mir-12476_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UUAUGCUUUGGAAUUCCGUUAC -58
Get sequence
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