MirGeneDB ID | Pma-Mir-430-o35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-430-P35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046076.1: 2418146-2418209 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCCGUCGCCGCUAGUCCUCGCCACUGCUACCCAGAUAGCAGUACUUGCUGUUAGAAUUAUGAGCCGCAGUAAGUGCUUACCUGUUUGGGCAUCAGCGGUAGAGGAAUUCCGUCGCAUAAGAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCCGUCGCCGCUAGU- - A CUA C--| GUUAGAAU CCUC GCC CUG CCCAGAUAG AGUACUUGCU U GGAG UGG GAC GGGUUUGUC UCGUGAAUGA A UAGAAUACGCUGCCUUAA A C UAC CAU^ CGCCGAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are likely hundreds of copies of Mir-430 genes in the lamprey genome but without deep reads of larval stages it is not possible to annotate them. Therefore only single and unique Mir-430 gene is currently annotated in P. marinus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-430-o35_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACCCAGAUAGCAGUACUUGCU -21
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-430-o35_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UAAGUGCUUACCUGUUUGGGCAU -64
Get sequence
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