MirGeneDB ID | Pfl-Mir-4824 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4824 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Sko-Mir-4824 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Pfl) |
LD357736.1: 49417-49479 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AACUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACGGGAUAUUGUUGCAUCUUGCUAUUUGAUAACUUACCAAAUUGAGCUGGUGUCGUUCUUUCAAUUUCACCAGACAGUUUUGUAAGUUACCAAAUGGUUGGAAACAACCAGCAACUGCGAGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AACGGGAUAUUGUUGCA---| U A C AG UCGUUCU UCU GCUAUUUG UAACUUAC AAAUUG CUGGUG \ AGG UGGUAAAC AUUGAAUG UUUGAC GACCAC U AGAGCGUCAACGACCAACAA^ U C U A- UUUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although there is no star recorded for Mir-4824 expression of the 5p arm is deeply conserved across enteropneusts. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pfl-Mir-4824_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAACUUACCAAAUUGAGCUGGUG -23
Get sequence
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Star sequence | Pfl-Mir-4824_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CCAGACAGUUUUGUAAGUUACCA -63
Get sequence
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