MirGeneDB ID | Pau-Mir-5045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5045 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Lan-Mir-5045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lophophorata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Lophophorata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000039.1: 397719-397776 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAGAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGCAACACCAACUGAUUCCUAAUGUGCGGAGUCUAAAAGCUAGUCUCUAGAGAUAUCCAACCUUCUAGAGAUUUUCUUUUGGUCUACAUACACAAGGAAUUACCACCUGAAACUUCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUGCAACACCAACUGAU--| AA CGG U CU GAUAU UCCU UGUG AG CUAAAAG AGUCUCUAGA C AGGA ACAU UC GGUUUUC UUAGAGAUCU C CCUUCAAAGUCCACCAUUA^ AC ACA U UU UCCAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pau-Mir-5045_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUCUAAAAGCUAGUCUCUAGA -22
Get sequence
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Mature sequence | Pau-Mir-5045_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAGAGAUUUUCUUUUGGUCUAC -58
Get sequence
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