MirGeneDB ID | Pab-Mir-7854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-7854 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-7854 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Hominidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Hominidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054697.2: 80948505-80948565 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGAGGCAGUGAACCUCUCCUGCCCCUUCCUUCCAUCUUCAUCACCUUGAGCAUCUUCUGGGCAGCUGAGGUGGCCGCAGAUGGGAAGGAAGGGCCCAGAGAUGAGGAUUUUCUUCUCUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAGGAGGCAGUGAACCUC - C- - UCA-| G CAUCUU UC CUG CCCUUCCUU CCAUCU UCACCUU AG C AG GAC GGGAAGGAA GGUAGA GGUGGAG UC U CUCUCUUCUUUUAGGAGU A CC G CGCC^ - GACGGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-7854_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUCCAUCUUCAUCACCUUGAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-7854_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UGAGGUGGCCGCAGAUGGGAAGGA -61
Get sequence
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