MirGeneDB ID | Pab-Mir-624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-624 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-624 Mml-Mir-624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054694.2: 34644118-34644175 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUGACCAAUAUAUAAUGCUGUUUCGAGGUAGUACCAGUACCUUGUGUUCAGUGGAACCAAGGUAAACACAAGGUAUUGGUAUUACCUUGAGAUAGCAUUACACCUAAGUGGUUUCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUUUGACCAAUAUAUAA--| CAGUGGA UGCUGUUUCGAGGUAGUACCAGUACCUUGUGUU A ACGAUAGAGUUCCAUUAUGGUUAUGGAACACAA C ACUUUGGUGAAUCCACAUU^ AUGGAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-624_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGUACCAGUACCUUGUGUUCA -22
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-624_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AACACAAGGUAUUGGUAUUACC -58
Get sequence
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