| MirGeneDB ID | Pab-Mir-580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-580 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-580 Hsa-Mir-580 Mml-Mir-580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054683.2: 36391217-36391277 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGAGUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAGUUAGAUAAAAUUUCCAAUUGGAACCUAAUGAUUCAUCAGACUCAGAUAUUUAAGUUAACAGUAUUUGAGUCUGAUGAAUCAUUAGGUUCCAGUUAGAAAUUUUCAUUCAGUUUCAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50
UGAAGUUAGAUAAAAUU--| C AUUUAAG
UC AAUUGGAACCUAAUGAUUCAUCAGACUCAGAU \
AG UUGACCUUGGAUUACUAAGUAGUCUGAGUUUA U
GACUUUGACUUACUUUUAA^ A UGACAAU
. 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-580_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUGAUUCAUCAGACUCAGAU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-580_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUGAGUCUGAUGAAUCAUUAGG -61
Get sequence
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