MirGeneDB ID | Pab-Mir-3909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3909 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-3909 Mml-Mir-3909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM068844.1: 41873531-41873592 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCCUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUUUGCUGUUGCGCCGUCAUUCCUCUGGGGAGCAGGCCCCGGGGGACAGGGAAAAGCACACAAGGAACUUGUCCUCUAGGGCCUGCAGUCUCACGGGAGAGUAACAUGCACCUGGACCGCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGUUUGCUGUUGCGCCGUC CU - --| CG GAAAAGCA AUUC CUG GGGA GCAGGCCC GGGGACAGG \ UGAG GGC CUCU CGUCCGGG CUCCUGUUC C CCGCCAGGUCCACGUACAA AG A GA^ AU AAGGAACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-3909_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGCAGGCCCCGGGGGACAGG -21
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-3909_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UGUCCUCUAGGGCCUGCAGUCU -62
Get sequence
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