MirGeneDB ID | Pab-Mir-3617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3617 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-3617 Mml-Mir-3617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054700.2: 49985320-49985382 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AAGACAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGAGGGAAUUGUCUUACUCAAGGUCAUAGAAAGACAUAGUUGCAAGAUGGGAUUAGAAACCAUAUGUCUCAUCAGCACCCUAUGUGCUUUCUCUGCCCUGGGAGCACACUCCAUUUAGCAGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGAGGGAAUUGUCUUA- A- U U - U-| AA AUUAGAA CUC AGG CA AGAAAG ACAUAG UGC GAUGGG A GAG UCC GU UCUUUC UGUAUC ACG CUACUC C GGACGAUUUACCUCACAC GG C C G CC^ A- UGUAUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-3617_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGACAUAGUUGCAAGAUGGG -22
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-3617_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAUCAGCACCCUAUGUGCUUUCU -63
Get sequence
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