MirGeneDB ID | Pab-Mir-2276 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2276 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-2276 Mml-Mir-2276 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054693.2: 26181195-26181254 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCCUCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCCUGGGUUCCUUGUGUUCCUUCCAGUCCGCCCUCUGUCACCUUGCAGACGGCUUUCUCUCCGAGUGUCUGCAAGUGUCAGAGGCGAGGAGUAGCAGCUGCAUCUCUGCAGGGGGACUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UCCCUGGGUUCCUUGUG-----------| UCCAGUC C U C GCUUUC UUCCU CGCC UCUG CAC UUGCAGACG U GAGGA GCGG AGAC GUG AACGUCUGU C CUCAGGGGGACGUCUCUACGUCGACGAU^ ------- - U - GAGCCU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-2276_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCCCUCUGUCACCUUGCAGACG -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Pab-Mir-2276_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCUGCAAGUGUCAGAGGCGAGG -60
Get sequence
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