MirGeneDB ID | Pab-Mir-1914 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1914 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Hsa-Mir-1914 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Catarrhini | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054700.2: 68408966-68409023 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAUGAGACCUAUCAGCACGUGUGAGCCCGCCCUGUGCCCGUCCCACUUCUGCUGCUGCUUAGCUCAGGAGGGGUCCCGCACUGGGAGGGGCCCUCACACCCUACCCCCCCUAGCUUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUAUGAGACCUAUCAGCAC -- G-| U CCGU A CUGCUG GUGUGA GCCC CCC GUGC CCC CUUCUG \ CACACU CGGG GGG CACG GGG GAGGAC C UUUCGAUCCCCCCCAUCC- CC GA^ U CCCU - UCGAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | Although absent in M. mulatta this locus is present in other old world monkeys. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-1914_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCCUGUGCCCGUCCCACUUCUGC -23
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-1914_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AGGAGGGGUCCCGCACUGGGAG -58
Get sequence
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