MirGeneDB ID | Pab-Mir-1270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1270 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-1270 Hsa-Mir-1270 Mml-Mir-1270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054699.2: 20828316-20828374 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGGAGAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAUUUACUUUUAAAGGCACAGUGUUAUACUGGAGAGAUGGAAGAGCUGUGUUGGGUAUAAGUAACAGACUUUUCUUUUUCUUCUAUGUGGCUUUUUGCAUUGUGCUCACCUAGGACCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAAUUUACUUUUAAAG-- C U CU U -| GUUGGG GCA AG GUUAUA GGAGAGA GGAAGAG CUGU U CGU UU CGGUGU CUUCUUU UCUUUUC GACA A CCAGGAUCCACUCGUGUUA U U AU U A^ AUGAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-1270_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGAGAGAUGGAAGAGCUGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-1270_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAGACUUUUCUUUUUCUUCUAUG -59
Get sequence
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