MirGeneDB ID | Obi-Mir-12580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12580 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ovu-Mir-12580 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ427473: 22375-22430 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACCGCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUUCCUUUGCUAUAUGGACUUCUUUCCCAACCGCUUGUUGUUGCCUUCUUGUAAUAUUCUACGAAGGUGGCAUCAAAGGGUCAGGAAAGGGAACCUUAUUCUGCAACAAACACAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUUUUCCUUUGCUAUAU--| AC CA G GU- UG UUGUAA GG UUCUUUCC ACC CUU UGU CCUUC U CC GGGAAAGG UGG GAA ACG GGAAG A ACACAAACAACGUCUUAUU^ AA AC - ACU GU CAUCUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Obi-Mir-12580_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACCGCUUGUUGUUGCCUUCUU -22
Get sequence
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Star sequence | Obi-Mir-12580_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- GAAGGUGGCAUCAAAGGGUCAG -56
Get sequence
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