MirGeneDB ID | Obi-Mir-12558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-12558 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ovu-Mir-12558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ417665: 580497-580558 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAUCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUGCUCAAUCAAAUGAUUGUUUCAUUUCCGGGGCCCUUAAUGCUUCGUAAAGAAGCUUUGCGUUCUACGAAUCUUAAGAGACCCCAGGAAUGAGAUUUCUUAAAUGCAGCUACAUAGAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUUGCUCAAUCAAAU---| UU C CC- UGC AAGAAGC GA GUUUCAUUUC GGGG CUUAA UUCGUA U CU UAGAGUAAGG CCCC GAAUU AAGCAU U UAGAUACAUCGACGUAAAUU^ U- A AGA CU- CUUGCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Obi-Mir-12558_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CCGGGGCCCUUAAUGCUUCGUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Obi-Mir-12558_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CGAAUCUUAAGAGACCCCAGGA -62
Get sequence
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